В чём причина различия генофондов изолированных популяций одного вида?

Коротко: изолированные популяции одного вида со временем расходятся по составу генов из-за того, что гены между ними почти не обмениваются, а внутри каждой действуют свои источники случайности и отбора.

Подробно по механизмам:

1. Отсутствие генного потока
   Когда миграции нет или она минимальна, новые мутации и их частоты «запираются» внутри популяции. То, что появилось и закрепилось в одной группе, не попадает в другую — отсюда расхождение по аллелям.

2. Генетический дрейф (случайность)
   В конечных (часто небольших) изолятах велика роль случайных флуктуаций частот аллелей. Даже нейтральные или почти нейтральные варианты могут стать частыми или, наоборот, исчезнуть просто из-за случайного состава родительских пар. Дрейф сильнее при малой численности.

3. Эффект основателя
   Если популяция возникла из нескольких «основателей», её стартовый генофонд — это неполная, случайная выборка из исходного вида. Некоторые аллели изначально отсутствуют или, наоборот, оказываются завышенными в частоте.

4. Горлышко бутылки (узкие места численности)
   Катастрофы, эпизоотии, резкие спады численности обедняют разнообразие и усиливают дрейф. После восстановления численности популяция уже несёт «урезанный» набор аллелей, не совпадающий с другими группами.

5. Разные режимы отбора
   Среда обитания, климат, пищевые ресурсы, патогены, конкуренты — всё это различается между изолятами. Отбор по-разному «подталкивает» частоты аллелей: где-то выгодны одни варианты, где-то — другие. Сюда же относится половой отбор и социальные/поведенческие предпочтения (неравномерное спаривание, ассоортативность).

6. Инбридинг и повышение гомозиготности
   В малых изолированных группах чаще спариваются родственники, растёт гомозиготность, проявляются рецессивные варианты, меняется структура генофонда (включая возможную фиксацию некоторых аллелей).

7. Накопление уникальных мутаций и «генетический автостоп»
   Со временем в каждой группе накапливаются свои мутации. Если рядом с адаптивной мутацией лежат нейтральные варианты, они «подсаживаются» и тоже закрепляются (сцепленный отбор), формируя специфические гаплотипы.

8. Изоляция расстоянием и ландшафтом
   Даже без абсолютных барьеров география (горы, острова, реки) снижает обмен особями. Чем дальше популяции и труднее путь — тем сильнее их генетическое рассхождение.

Итог: различия генофондов изолированных популяций — это совместный результат отсутствия или слабости миграций, случайных процессов (дрейф, основатель, «горлышко»), различий в отборе и демографии, усиленных временем. Чем дольше и сильнее изоляция и чем меньше численности, тем заметнее divergence.