Да, между прокариотами и эукариотами есть принципиальные (то есть фундаментальные) различия. Они касаются прежде всего устройства клетки, способов хранения и реализации генетической информации, а также энергетики и деления. Ниже поясню по пунктам.

1) Наличие оформленного ядра и организация ДНК

Прокариоты (бактерии и археи):

• Оформленного ядра нет. ДНК находится в области цитоплазмы, которую называют нуклеоид.

• Обычно основная ДНК — одна кольцевая молекула (хромосома), часто есть плазмиды (дополнительные небольшие кольцевые молекулы ДНК).

• ДНК не отделена от остального содержимого мембраной, поэтому процессы «чтения» ДНК и синтеза белка идут тесно связанно.

Эукариоты (животные, растения, грибы, многие протисты):

• Есть ядро, отделённое ядерной оболочкой.

• ДНК представлена несколькими линейными хромосомами.

• ДНК упакована с белками (в основном с гистонами) в хроматин, что влияет на регуляцию активности генов.

Почему это принципиально: наличие ядра создаёт «разделение труда» и пространственное разделение этапов работы с генетической информацией.

2) Мембранные органоиды и “компартментализация”

Прокариоты:

• Мембранных органоидов (митохондрий, аппарата Гольджи, ЭПС и т. п.) нет.

• Большинство процессов происходит прямо в цитоплазме или на мембране.

Эукариоты:

• Есть развитая система внутриклеточных мембран и органоидов:

  • митохондрии (энергетика),

  • у растений и водорослей — хлоропласты (фотосинтез),

  • ЭПС, аппарат Гольджи, лизосомы, вакуоли и др.

• Это позволяет разделять процессы по «отсекам», повышая эффективность и управляемость.

Почему это принципиально: компартментализация резко усложняет клетку и расширяет её возможности (сложная регуляция, специализированные функции, многоклеточность).

3) Рибосомы и синтез белка

Прокариоты:

• Рибосомы обычно типа 70S.

• Транскрипция и трансляция могут идти одновременно, потому что нет ядра: РНК синтезируется и тут же считывается рибосомами.

Эукариоты:

• Рибосомы в цитоплазме обычно типа 80S (в митохондриях и хлоропластах — свои, похожие на прокариотические).

• Транскрипция происходит в ядре, затем РНК проходит созревание (например, сплайсинг), и только потом выходит в цитоплазму на трансляцию.

Почему это принципиально: у эукариот появляется много уровней регуляции между ДНК и белком (созревание РНК, транспорт, контроль качества).

4) Клеточное деление и наследственность

Прокариоты:

• Делятся в основном бинарным делением (простое удвоение ДНК и разделение клетки).

• Нет митоза и мейоза в классическом виде.

• Генетическое разнообразие часто повышается через горизонтальный перенос генов (например, через плазмиды).

Эукариоты:

• Соматические клетки делятся через митоз.

• Для полового размножения и образования гамет — мейоз, который обеспечивает рекомбинацию и наследственную изменчивость.

• У многоклеточных есть ещё и сложная регуляция клеточного цикла, дифференцировка тканей.

Почему это принципиально: митоз/мейоз связаны с линейными хромосомами, ядром и более сложной организацией генома.

5) Энергетика клетки

Прокариоты:

• Основные энергетические процессы (например, дыхательная цепь) часто «привязаны» к клеточной мембране, потому что митохондрий нет.

Эукариоты:

• Главный центр клеточного дыхания — митохондрии.

• У фотосинтезирующих эукариот фотосинтез идёт в хлоропластах.

Почему это принципиально: появление митохондрий (и хлоропластов у растений) увеличило энергетические возможности клетки, что считается одной из причин, почему эукариоты смогли стать настолько сложными.

6) Размеры и сложность

Прокариоты обычно меньше и проще по внутреннему строению (хотя бывают исключения).
Эукариоты в среднем крупнее и более «архитектурно сложные», что позволяет им формировать сложные структуры, включая многоклеточные организмы.

Итог

Принципиальные различия есть, и главный водораздел — это:

1. наличие ядра и сложной организации генома у эукариот,

2. наличие мембранных органоидов и компартментализация,

3. более сложные механизмы регуляции, деления и энергетики.

Из-за этих особенностей эукариотическая клетка функционально более сложная, а прокариотическая — более простая по строению, но часто очень эффективная и приспособленная к быстрым изменениям среды.