Как спросить по английски "Сколько парт в их классе?"

Самый естественный вариант:

• How many desks are there in their classroom?

Ещё допустимые формулировки:

• How many desks are in their classroom? — без “there”.

• How many desks does their class have? — упор на «их класс имеет…».

• Если речь о «парах столов» или столах-«партах» как столах, можно сказать tables: How many tables are there in their classroom?

Пояснение по грамматике: для количества счётных предметов используем How many + plural noun. Вопрос об наличии в месте удобно строить через there is/are: How many [desks] are there in [place]?