There is a pen on the table а. ручка на столе б. на столе ручка The pen is on the table а. ручка на столе б. на столе ручка The toys are in the box а. игрушки в коробке б. в коробке игрушки There are toys in the box а. игрушки в коробке б. в коробке игрушки There is a table in the room а. стол в комнате б. в комнате стол

Коротко: в английском конструкция There is/are — это представление нового предмета (экзистенция). В русском ей обычно соответствует порядок [место] + [что] (часто можно добавить «есть»). Когда в английском подлежащее определённое (the pen, the toys), в русском нейтрально [что] + [где].

Разбор по вашим примерам:

1. There is a pen on the table → б. на столе ручка
   (возможен вариант: «На столе есть ручка».)

2. The pen is on the table → а. ручка на столе
   (уже известная ручка; тема — «ручка».)

3. The toys are in the box → а. игрушки в коробке
   (конкретные/уже упомянутые игрушки.)

4. There are toys in the box → б. в коробке игрушки
   («В коробке есть игрушки». Представляем факт наличия.)

5. There is a table in the room → б. в комнате стол
   («В комнате есть стол». Экзистенция.)

Итого: 1–б, 2–а, 3–а, 4–б, 5–б.