Заменить местоимением the pencil is on the Desk карандаш лежит на парте

Если нужно заменить слово "карандаш" местоимением в предложении "The pencil is on the desk", то правильным будет использование местоимения "it", потому что речь идет о единственном предмете мужского рода (но в английском род неважен для неодушевленных предметов).

Итоговое предложение будет:

It is on the desk.

Здесь:

• It = местоимение вместо "the pencil"

• is on the desk = сохраняется без изменений, потому что местоположение не меняется.

То есть буквально: "Он/она (оно) лежит на парте."