Заведующая аптекой? Или заведующий аптекой?

Правильный вариант — "заведующая аптекой". В русском языке существует гендерная категория, которая влияет на окончания профессий и должностей. Для женского рода используется форма "заведующая", а для мужского — "заведующий".

Таким образом, если речь идет о женщине, то следует использовать "заведующая аптекой". Если же должность занимает мужчина, то правильным будет "заведующий аптекой".