Деревня, деревню, деревень: какое окончание?

Правильно: деревень (родительный падеж множественного числа: нет деревень).

Что с «окончанием»:

• В форме род. мн. у существительных 1-го склонения на -ня используется нулевое окончание, но перед ним появляется вставочный суффикс -ен-.

• Поэтому структурно это: основа деревн- + суффикс -ен- + нулевое окончание → на письме получаем -ень.

Парадигма для наглядности:

• ед. ч.: деревня, деревни, деревне, деревню, деревней, о деревне;

• мн. ч.: деревни, деревень, деревням, деревни, деревнями, о деревнях.

По тому же правилу: вишня — вишен, песня — песен, башня — башен (но есть исключения типа кухня — кухонь без -ен-).