Пахнет свежестью сирени. Сирени какой падеж

Родительный падеж, ед. число.

Объяснение: в словосочетании «свежестью сирени» существительное «свежесть» стоит в творительном падеже («свежестью») и управляет зависимым словом в родительном падеже: «свежесть чего? — сирени». Хотя форма «сирени» омонимична ещё дательному и предложному ед. ч. и именительному мн. ч., по смыслу и управлению здесь нужен именно родительный ед. ч. («запах/свежесть чего»).