Косточка — выделить орфограмму.

Слово «косточка» — существительное.

Чтобы выделить орфограмму, обычно показывают то место, где возможна ошибка и действует правило. В этом слове таких мест два:

1. Суффикс уменьшительности -очк-
   Пишется -очк-, потому что в основе слова «кость» есть т: кость → косточка.
   Орфограмму можно выделить так: кост[очк]а (или подчеркнуть -очк-).

2. Буква «ь» в корне: «кост-»
   Мягкий знак в слове «кость» сохраняется в производных: кость → косточка.
   Орфограмму можно выделить так: кост[ь] → косточка (в самом слове мягкий знак не пишется, но орфограмма связана с проверочным словом).

Если нужно выделить основную орфограмму прямо в слове, чаще всего выделяют именно суффикс: кост[очк]а.