В какой части слова происходит чередование морфем?

Чередование (варианты одной и той же морфемы: бер/бир, лаг/лож, раст/ращ/рос, скак/скоч и т. п.) происходит в той части слова, где находится сама морфема, то есть в корне или в суффиксе — в зависимости от того, какая морфема «меняется».

Чаще всего в школьной грамматике под чередованием имеют в виду именно чередование в корне, потому что это самый распространённый и заметный случай:

• собирать — собрать (корень -бер-/-бир-)

• расти — вырощу — рослый (корень -раст-/-ращ-/-рос-)

• полагать — положить (корень -лаг-/-лож-)

Но чередование бывает и в суффиксах (например, разные варианты словообразовательных суффиксов в родственных формах и словах).

Итак, точный ответ: чередование происходит в морфеме, а значит в той части слова, где эта морфема расположена — чаще всего в корне, реже в суффиксе.