Следы путаны или путанны? И какой вопрос: Что сделаны? или Каковы?

Правильный вариант — "следы путаны". Это слово употребляется в значении "путаные следы", где "путаны" — это форма прилагательного в мужском или женском роде, согласующаяся с существительным "следы".

Что касается вопроса, правильный вариант — "Каковы?" В данном случае вопрос задаётся о характеристике следов, и "Каковы" используется для выражения свойства, состояния или качества. "Что сделаны?" не подходит, так как не имеет логичного смысла в этом контексте.