Дуга, луга, лужа, лужи, ложи, ножи — какие слова пишутся не так, как произносятся?

Разберу слова именно в орфоэпическом смысле: где буквенная запись не совпадает с реальным звучанием, а не просто где есть школьные орфограммы.

Не так, как произносятся, пишутся слова лужи, ложи, ножи.

Главная причина — сочетание жи. В русском языке после ж пишется буква и, но звук произносится как [ы], потому что ж — всегда твёрдый согласный.

Получается так:

лужи — пишем жи, произносим [жы]:
лужи → примерно [лу́жы]

ложи — пишем жи, произносим [жы]:
ложи → примерно [ло́жы] или [лажы́], в зависимости от значения и ударения

ножи — пишем жи, произносим [жы]:
ножи → примерно [нажы́]; кроме того, безударное о произносится близко к [а]

А слова дуга и луга в обычном школьном понимании пишутся так же, как произносятся: г перед гласной звучит как [г], а не оглушается.

Со словом лужа возможна тонкость: строго фонетически безударная конечная а звучит ослабленно, не совсем как ударное [а]. Но если вопрос про заметное расхождение написания и произношения, то обычно ответ: лужи, ложи, ножи.