Корень в слове шалунья

В слове «шалунья» корень — -шал-.

Разберём слово по составу:

шал-унь-я

Где:

шал- — корень,
-унь- — суффикс,
-я — окончание.

Слово «шалунья» образовано от слов, связанных по значению с шалостью: шалить, шалун, шалость. Общая часть этих родственных слов — шал-, поэтому именно она является корнем.

Ответ: корень в слове «шалунья» — шал.