Наклонились - какой корень?

В слове «наклонились» корень — -клон-.

Разбор слова:

на-клон-и-л-и-сь

Где:

на- — приставка,
-клон- — корень,
-и- — суффикс,
-л- — суффикс прошедшего времени,
-и- — окончание,
-сь — возвратный постфикс.

Однокоренные слова: клонить, наклон, склониться, поклон, отклонение. В них сохраняется общий корень -клон- / -клан-. В слове «наклонились» пишется именно -клон-, потому что под ударением в этом корне пишется о: накло́н.