От кого произошли бобры и капибары?

Коротко: и бобры, и капибары — грызуны, но идут из разных ветвей. Они не происходят друг от друга. Их самый общий предок — древний «прото-грызун» эоцена/палеоцена, а дальше линии разошлись на миллионы лет.

Бобры (сем. Castoridae)
Произошли от древних касторид Северного полушария. Самые ранние представители семейства появляются ещё в позднем эоцене—олигоцене. Это были не «классические» плотинные инженеры: многие ранние касториды были мелкими, частично роющими зверьками (известны, например, палеокасторы, делавшие спиральные норы — те самые «демонеликсы»). Типично полуводный образ жизни и «бобровые» приспособления оформляются позже, уже в более продвинутых касторинах. Современный род Castor (евразийский и североамериканский бобры) — поздний этап этой линии, сформировавшийся лишь в последние несколько миллионов лет.

Капибары (род Hydrochoerus, сем. Caviidae)
Это совсем другая ветвь — южноамериканские хистрикогнатные грызуны (инфраотряд Caviomorpha). Их предки пришли в Южную Америку из Африки в эоцене–олигоцене (вероятно, «по морю» на растительных плотах, когда Атлантика была уже уже), а затем в Южной Америке быстро разошлись на множество форм. Капибары происходят от древних «кавиоидных» линий; их ближайшие живые родственники — скальные кавии (Kerodon), мары (Dolichotis) и морские свинки (Cavia). Гигантские плейстоценовые «капибары» (например, Neochoerus) — это недавние, уже южноамериканские ветви той же линии.

Если свести к одному предложению:
бобры произошли от древних касторид Северного полушария (ветка Castorimorpha), а капибары — от южноамериканских хистрикогнатных «кавиоморф» с африканскими корнями (ветка Caviomorpha, семейство Caviidae). Их общий предок — очень ранний, примитивный грызун, живший задолго до появления и «бобровости», и «капибарности».