Which country ... from? comes Tom, does Tom come, Tom is coming, is coming Tom

Правильный вариант: does Tom come.

Полное предложение: Which country does Tom come from?

Объяснение: в английском вопросительном предложении в Present Simple с глаголом come используется вспомогательный глагол does, а основной глагол остаётся в начальной форме (come, а не comes). Остальные варианты грамматически неверны.