Что являлось основной причиной вхождения большинства русских княжеств в состав новых крупных государств?

Коротко: безопасность. После нашествия и в условиях постоянных набегов и давлений со всех сторон (прежде всего Орды, а также Литвы, Польши, немецких рыцарей) мелкие и ослабленные междоусобицами княжества просто не могли себя защитить и поддерживать порядок. Вхождение под руку более сильного центра — прежде всего Москвы или Великого княжества Литовского — давало щит (общую рать, крепости, организованную оборону), более предсказуемые налоги и суд, прекращение усобиц и разорительных «переездов» князей. Экономические выгоды от единого рынка и управления были важны, но главным мотивом оставалась именно необходимость защитить людей и земли от внешней угрозы.