В произведении "Темная аллея" главные герои останутся вместе в конце?

Нет, не останутся. В одноимённом рассказе Бунина они случайно встречаются спустя годы: он — уже женатый «бывший офицер» Николай Алексеевич, она — Надежда, хозяйка постоялого двора. Когда-то он бросил её, и эта рана для неё так и не затянулась. В коротком разговоре всплывают память и горечь: она говорит, что любила его единственно и навсегда, он же пытается оправдаться и сгладить неловкость.

Финал недвусмысленный: он уезжает, она остаётся. Никакой попытки «начать сначала» не происходит — их пути разошлись, а прошлое невозвратно. Так Бунин подчёркивает тему неосуществлённой любви и ответственности за сделанный когда-то выбор.