Персонаж современной сказки, неизвестный науке, с большими ушами

Это Чебурашка.

В сказке Эдуарда Успенского Чебурашка как раз описывается как «неизвестный науке зверь». Его нашли в ящике с апельсинами, а отличительная внешняя черта персонажа — очень большие круглые уши.

Он является героем современной детской сказки «Крокодил Гена и его друзья», а также известного мультфильма про крокодила Гену, Шапокляк и самого Чебурашку.

Ответ: Чебурашка.