Над кустом какой падеж?

Творительный падеж.

Почему: предлог «над» требует творительного падежа (вопросы кем? чем?). Форма «кустом» — это ед. число, муж. род, 2-е склонение, типичное окончание творительного падежа -ом.

Примеры по той же модели: над домом, под столом, перед окном. Для сравнения: в предложном было бы о кусте (окончание -е).