Почему "нетленный" пишется с двумя "н"?

Потому что в основе слова стоит прилагательное тле́нный (от глаг. тле́ть, сущ. тле́ние) с суффиксом -енн-. По правилу русской орфографии в прилагательных с суффиксами -енн-, -онн- пишется НН: време́нный, мгнове́нный, тле́нный. Приставка не- на количество «н» не влияет — получаем не-тле́нный → нетле́нный.

Итого: две «н» здесь обязательны из-за суффикса -енн- (нетленный смысл, нетленное тело).