Он невысок ростом и почти некрасив, однако обаятелен. Что по запятым? Может, перед «однако»?

Правильно так:

Он невысок ростом и почти некрасив, однако обаятелен.

Запятая перед «однако» нужна, а после него — нет.

Объяснение следующее.

В данном предложении слово «однако» выступает в роли противительного союза, который по значению равен союзу «но». Он соединяет однородные сказуемые, между которыми выражено противопоставление.

Можно заменить «однако» на «но»:

Он невысок ростом и почти некрасив, но обаятелен.

Смысл предложения не изменится. Следовательно, перед «однако» ставится запятая, как и перед союзом «но».

При этом важно не путать союз «однако» с вводным словом «однако».

• Союз «однако» имеет значение «но» и не обособляется. Например: «Он устал, однако продолжал работать».

• Вводное слово «однако» выражает отношение говорящего к сообщаемому и выделяется запятыми. Например: «Он, однако, не согласился».

В вашем случае «однако» — именно союз, поэтому выделять его запятыми с двух сторон не следует.

Между словами «невысок ростом» и «почти некрасив» запятая также не нужна: однородные сказуемые соединены одиночным союзом «и».

Итак, в предложении нужна только одна запятая — перед «однако». Ваша пунктуация совершенно правильная.

Единственное замечание касается не пунктуации, а стилистики. Сочетание «почти некрасив» звучит несколько необычно. Более естественным мог бы быть вариант:

«Он невысок ростом и не очень красив, однако обаятелен».

Но если вам важно сохранить именно оттенок значения «почти некрасив», исходная формулировка вполне допустима.