Орфограмма в словах "школа", "крот", "сын".

Орфограмма – это «опасное» место в слове, где при письме нужно выбирать букву по правилу или запоминать её.

Разберём по словам.

1. «Школа»
В слове «школа» орфограмма – безударная гласная в корне слова: буква О.
Произносится не очень чётко (ближе к [ɐ]/[ʊ]), поэтому при письме можно сомневаться: шкала, шкала, шкУла?
Проверяем ударением:

• шко́ла – шко́лы, шко́льный.
  В проверочных словах «О» оказывается под ударением, значит, пишем школа.

2. «Крот»
В слове «крот» орфограмма – парный согласный на конце слова: буква Т.
На слух в конце слова звонкий/глухой согласный может оглушаться, и можно сомневаться: кроД, кроТ?
Проверяем в форме, где после этого согласного стоит гласная:

• крот – кро́ты, кро́та.
  В форме кро́ты ясно слышится звук [т], значит, пишем т – орфограмма: парный согласный в конце слова, проверяемый изменением формы.

3. «Сын»
В слове «сын» орфограмма – непроверяемая гласная в корне: буква Ы.
Проверочного слова, где гласная была бы под ударением и помогала сделать выбор, нет:

• сын – сыны, сыновья – везде тот же сомнительный «ы», он не «проясняется».
  Поэтому слово «сын» относят к словарным, а орфограмма здесь — непроверяемая (словарная) гласная в корне.

Итого:

• «школа» – проверяемая безударная гласная в корне (О),

• «крот» – парный согласный в конце слова (Т),

• «сын» – словарная (непроверяемая) гласная в корне (Ы).