С грачатами - начальная форма "грачата" или "грачонок"?

Начальная форма зависит от того, какое именно слово стоит в предложении.

«С грачатами» — это форма творительного падежа множественного числа. Начальная форма у неё — «грачонок», а не «грачата».

Почему так:
грачонок — единственное число, именительный падеж. Это словарная, начальная форма слова.

Формы будут такие:

грачонок — один детёныш грача;
грачата — несколько детёнышей грача, именительный падеж;
с грачатами — с кем? с грачатами, творительный падеж множественного числа.

То есть «грачата» — это не начальная форма, а форма множественного числа. В словаре такое слово обычно ищут по форме «грачонок».